Początkowo reżyserem filmu miał być Renny Harlin, ale zrezygnował, aby nakręcić "Szklaną pułapkę 2". Kolejnym reżyserem został Vincent Ward, ale po kilku miesiącach został zwolniony (nie mógł dojść do porozumienia z producentami). Zastąpić miał go scenarzysta Walter Hill, ten jednak również wycofał się, kiedy David Fincher stał się osiągalny.
Pierwotnie autorem zdjęć do filmu był Jordan Cronenweth, ten sam, który sfotografował "Łowcę androidów". Lecz z powodu ataku choroby Parkinsona, Cronenweth musiał opuścić plan po dwóch tygodniach. Jego miejsce zajął brytyjski operator Alex Thomson.
Gabriel Byrne i Richard E. Grant odrzucili propozycję zagrania roli Clemensa. Ostatecznie angaż otrzymał Charles Dance.
Lance Henriksen zgodził się powtórzyć swoją rolę Bishopa jako osobistą przysługę dla Waltera Hilla. Do dzisiaj aktor twierdzi, że nie przepada za filmami o nihilistycznej tematyce.
Kostiumolog Bob Ringwood zrezygnował z pracy nad filmem. Powodem były niezadowalająca praca z reżyserem Davidem Fincherem.
Podczas sekcji zwłok Newt plama krwi, którą Clemens ma na swoim fartuchu w kolejnych ujęciach zmienia swoje kształty i rozmiary i to kilka razy.
W scenie w kantynie szklanka soku Ripley jest na przemian pełna i do połowy pusta, w zależności od ujęcia.
Kiedy Clemens wykonuje sekcję zwłok Newt, jej krew płynie swobodnie, jak gdyby umarła niedawno. Jednak dziewczynka była w kapsule ratunkowej przez długi czas, a następnie została zamrożona w kostnicy. Nawet po rozmrożeniu jej krew by zakrzepła.
W scenie autopsji Clemens oznajmia, że niewłaściwe jest tolerowanie obecności jakiegokolwiek wirusa, a epidemia cholery źle będzie wyglądać w raporcie. W rzeczywistości cholera jest wywołana przez bakterię o nazwie "Vibrio cholerae".
Podczas upadku EEV do morza można zauważyć w tle tankowiec.
Gdy Aaron mówi Clemensowi, aby przyszedł i sprawdził ciało Murphy'ego mówi, że wypadek wydarzył się w Vent Shaft 22. Jednak później, kiedy Andrews informuje więźniów, co się stało, stwierdza on, że incydent miał miejsce w Vent Shaft 17.
Zdjęcia do filmu zrealizowano w na wybrzeżu Northumberland (Anglia, Wielka Brytania) oraz w Los Angeles (Kalifornia, USA).
Zakończenie filmu nakręcono już w L.A. od razu w dwóch wersjach. Pierwsza - obecna w rozszerzonej wersji filmu, ukazuje Ripley spadającą do hutniczego pieca. Drugą - którą zakończono wersję kinową, wzbogacono o narodziny Królowej Obcych, lecz tylko pod postacią plamy krwi, eksplodującej pod ubraniem.
Model kapsuły ratunkowej EEV z Sulaco, miał długość jednego metra. Ujęcie oddzielenia go od statku macierzystego wykonano w miniaturowej dekoracji ściany statku, długości 3 metrów.
Dwa płonące kominy hutniczych pieców, były miniaturą długości 12 metrów.
Pomysłodawcą nowej fryzury Ripley był David Fincher. Przy pierwszym spotkaniu z producentami, na pytanie Sigourney Weaver, jak wyobraża sobie Ripley w trzecim filmie, po krótkim namyśle odpowiedział: "łysą...".
Nowo narodzony Obcy w wersji reżyserskiej miał być pokazany, jak opuszcza miejsce swych narodzin o własnych siłach. Aby pokazać biegającą miniaturkę Aliena, pierwotnie nałożono głowę i kostium Obcego na pieska rasy chart. Próby przed kamerą wypadły jednak żenująco, więc ostatecznie małego Obcego zagrała marionetka, poruszana drutami na tle niebieskiego ekranu.
Do sceny śmierci Murphy'ego, specjalnie zbudowano duży wirnik. Obracał on 180-cm ostrza z prędkością ponad 2 obrotów na minutę. Sam moment śmierci więźnia nakręcono z uproszczonym manekinem, wypełnionym sztuczną krwią.
Duża liczba proponowanych scenariuszy doprowadziło do pomyłki w reklamie filmu, uznano, że akcja będzie się działa na Ziemi. William Gibson między innymi napisał scenariusz, w którym przez większość filmu Ripley jest w śpiączce.
Stworzeniem, które zapładnia obcy miał być początkowo wół, ale został zmieniony, gdyż wydał się twórcom niewygodny i nie pasujący do atmosfery filmu.
Obcy, jakiego widać najczęściej przy scenach biegania nie został stworzony komputerowo. Była to marionetka w skali 1/3, animowana przez lalkarzy na drutach, na tle niebieskiego ekranu. Technikę tę zastosowano do ok. 40 ujęć z biegającym Obcym.
Mimo zastosowania całej gamy trików optycznych w filmie wykorzystano również kilka ujęć z animacją cyfrową. Pierwszym było cyfrowe połączenie kilku elementów w jedną całość w ujęciu uderzenia kapsuły EEV o lustro wody. Wszystkie cienie, rzucane przez Obcego były cyfrowe. W komputerze animowano także pęknięcia na jego głowie w końcówce filmu.
W pierwotnych planach scenariusza nie było postaci Ripley.
Ostateczna wersja filmu była montowana blisko rok.
Podczas produkcji zaprzestano prac na trzy miesiące z powodu zmian w scenariuszu.
Zdjęcia do filmu kręcono od 14 stycznia do 17 maja 1991 roku.
7.000.000 dolarów zmarnowano na zestawy, których nie użyto na planie. Było to spowodowane przez stale zmieniający się skrypt scenariusza, zanim jeszcze rozpoczęto kręcenie zdjęć.